分子雜交基因探針根據標記方法不同可粗分為放射性探針和非放射性探針兩大類，根據探針的核酸性質不同又可分為DNA探針，RNA探針，cDNA探針，cRNA探針及寡核苷酸探針等幾類，DNA探針還有單鏈和雙鏈之分。下面分別介紹這幾種探針。
（一）DNA探針
是zui常用的核酸探針，指長度在幾百堿基對以上的雙鏈DNA或單鏈DNA探針。現已獲得DNA探針數量很多，有細菌、病毒、原蟲、真菌、動物和人類細胞DNA探針。
（二）cDNA探針
cDNA（complementaryDNA）是指互補于mRNA的DNA分子。cDNA是由RNA經一種稱為逆轉錄酶（reversetranscriptase）的DNA聚合酶催化產生的，這種逆錄酶是Temin等在70年代初研究致癌RNA病毒時發現的。該酶以RNA為模板，根據堿基配對原則，按照RNA的核苷酸順序合成DNA（其中U與A配對）。
（三）RNA探針
RNA探針是一類很有前途的核酸探針，由于RNA是單鏈分子，所以它與靶序列的雜交反應效率*。早期采用的RNA探針是細胞mRNA探針和病毒RNA探針，這些RNA是在細胞基因轉錄或病毒復制過程中得到標記的，標記效率往往不高，且受到多種因素的制約。
（四）寡核酸探針
前述三種探針均是可克隆的，一般情況下，只要有克隆的探針，就不用寡核苷酸探針。在DNA序列未知而必須首先進行克隆以便繪制酶譜和測序時，也常應用克隆。克隆探針一般較寡核苷酸探針特異性強，復雜度也高，從統計學角度而言，較長的序列隨機碰撞互補序列的機會較短序列少，克隆探針的另一優點是，可獲得較強的雜交信號，因為克隆探針較寡核苷酸探針摻入的可檢測標記基因更多。但是，較長的探針對于靶序列變異的識別能力又有所降低。對于僅是單個堿基或少數堿基不同的兩序列，克隆探針不能區分，往往雜交信號相當。這既是其優點，又是其缺點。優點是當用于檢測病原微生物時，不會因或細菌DNA的少許變異而漏診，缺點則是不能用于點突變的檢測。這種情況下，通常要采用化學合成的寡核苷酸探針。
